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Les lieux persistants sont les endroits où les gens se regroupent, utilisent et réutilisent les structures naturelles ou construites, et où ils développent leurs identités et interactions sociales. Un réseau de lieux persistants forme à son tour des modes de peuplement persistants et interconnectés, ce qui crée un paysage anthropique ou marqué par des histoires, avec une mémoire du lieu qui est partagée par la communauté. Bien qu'il ait été démontré que les modes de peuplement persistant ont précédé de longtemps l'apparition des villages agricoles néolithiques, le Levant a reçu la plus grande attention dans cette perspective, tandis que l'Afrique a été négligée. Cet article présente une étude de cas illustratif sur les modes d'établissement persistants créés par les chasseurs-cueilleurs de l'Holocène dans la vallée moyenne du Nil. Nous utilisons des modèles géostatistiques et la cartographie visuelle d'une vaste collection de différentes classes d'artefacts (industrie lithique, percuteurs, outils en pierre polie et poterie) provenant d'un site bien préservé du 'Khartoum Variant' sur l'île de Sai, et les mettons en corrélation avec des structures architecturales complexes exposées sur une surface archéologique (niveau 1) sur le site 8-B-10C, qui date du début du cinquième millénaire calibrée avant J.-C. La combinaison d'analyses géostatistiques multiples et approfondies d'un système d'habitation complexe documente avec succès une organisation planifiée de l'habitat à l'échelle du site qui est exceptionnellement préservée et qui fut maintenue sur plusieurs générations, révélant une mémoire du lieu.